Управителният орган на Федерацията се състои най-малко от 15 членове, включващо по право председателя и зам. председателите на Федерацията. Председателят на Финансово-контролната комисия или негов заместник участва в заседанията на Управителния съвет със съвещателен глас.

Управителният съвет:

1. Представлява Федерацията и определя обема на представителната власт на отделни негови членове;

2. Осигурява изпълнението на решенията на Конгреса;
3. Организира изпълнението на задълженията предвидени в Устава;
4. Избира съответен брой представители на Федерацията в Координационния съвет на КНСБ, определени с нейния Устав;
5. Разглежда и решава всички въпроси, свързани с имуществото на Федерацията;
6. Осигурява участието на Федерацията в преговори с държавни и стопански органи по сключване на отраслови /браншови/ споразумения и КТД;
7. Избира Общоотраслов стачен комитет и решава провеждането на общоотраслови протестни действия и стачки.
8. Разглежда възникнали спорове между синдикалните организации;
9. Утвърждава щата и бюджета на Федерацията, определя трудовото възнаграждение на председателя, зам. председателите, изп. секретар и председателя на Финансово-контролната комисия;
10. Организира и ръководи дейността на помощните и обслужващите звена на Федерацията;
11. Подпомага и направлява дейността на браншовите съюзи/съвети и териториалните синдикални органи на Федерацията;
12. Решава постъпилите молби и предложения по чл.11, ал. 1 от Устава за социалните помощи по бюджета и от целевите социални фондове на Федерацията;

13. Приема нови и изключва членове на Федерацията;

14. Решава исканията на работодателите за даване на предварително съгласие при уволнение по случаите, предвидени в Кодекса на труда.