С цел осигуряването на еднакви възможности и благоприятни организационни предпоставки за равноправно представителство и защита на интересите, синдикалните членове и синдикалните организации от основните производства, отрасли и дейности в рамките на Федерацията могат да формират браншови съюзи.
Браншовият съюз избира свой председател и предлага своите представители за избиране в Управителния съвет от Конгреса по определената норма на представителство. Изборът се извършва с обикновено мнозинство за срок от 5 години.
Финансовата издръжка на дейността и административното обслужване на браншовия съюз се осигурява от Федерацията. 
Във Федерацията са създадени четири Браншови съюза:
•    Браншов съюз “Дървообработване и дограма”;
•    Браншов съюз по горско стопанство;
•    Браншов съюз “Целулоза и хартия”;
•    Браншов съюз “Мебели”.